1934年，南京醫科大學成立于江蘇鎮江，前身是“江蘇省立醫政學院”，是國內較早開展研究生教育的高等學府之一。
       1938年，江蘇省立醫政學院因抗日戰爭原因遷至湖南沅陵，與南通學院醫科合并更名為“國立江蘇醫學院”。
       1942年8月，由國(guo)際知名人(ren)體(ti)寄(ji)(ji)生(sheng)(sheng)蟲學(xue)(xue)家(jia)、中國(guo)人(ren)體(ti)寄(ji)(ji)生(sheng)(sheng)蟲學(xue)(xue)奠基人(ren)洪式(shi)閭(lv)教(jiao)授領導成立的(de)(de)寄(ji)(ji)生(sheng)(sheng)蟲學(xue)(xue)部開(kai)始招收研(yan)究生(sheng)(sheng)，標(biao)志(zhi)著學(xue)(xue)校(xiao)(xiao)成為(wei)國(guo)內較(jiao)早開(kai)始招收研(yan)究生(sheng)(sheng)的(de)(de)高等學(xue)(xue)府(fu)。在(zai)這個階(jie)段(duan)，因抗日(ri)戰(zhan)爭的(de)(de)原因，學(xue)(xue)校(xiao)(xiao)數度(du)遷址，歷(li)經湖南省(sheng)沅陵、貴州省(sheng)貴陽、四(si)川(chuan)省(sheng)重慶市北(bei)碚，歷(li)盡滄桑，在(zai)一批愛國(guo)知識分(fen)子的(de)(de)共同努力下，堅持(chi)辦(ban)學(xue)(xue)、培育人(ren)才，為(wei)國(guo)家(jia)培養(yang)了研(yan)究生(sheng)(sheng)、本科生(sheng)(sheng)、專科生(sheng)(sheng)、進修(xiu)生(sheng)(sheng)1463人(ren)。

1957年，江蘇醫學院遷到南京，更名為南京醫學院。當時院長是我國知名現代兒科醫學奠基人顏守民教授，在中國近現代醫學史上素有“北諸南顏”的美譽。在顏守民教授的帶領下，學校建立了完善的現代醫學教育體系，擁有一批在國內外醫學界有較大影響力的大師和名家。此外，教學、科研和醫療取得了較大的發展，成為華東、華南地區較高醫學學府和全國重點醫學院校之一。
       1981年，南(nan)京(jing)醫科大(da)(da)學(xue)(xue)(xue)(xue)被國(guo)(guo)(guo)務院(yuan)批準為全國(guo)(guo)(guo)博(bo)士、碩士學(xue)(xue)(xue)(xue)位授予單位。隨著改革開放的發展，南(nan)京(jing)醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)與(yu)國(guo)(guo)(guo)際(ji)交(jiao)(jiao)往日益頻繁(fan)。90年代，南(nan)京(jing)醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)已經和(he)美(mei)國(guo)(guo)(guo)、日本、加(jia)拿(na)大(da)(da)、澳大(da)(da)利(li)亞、瑞典、法國(guo)(guo)(guo)、香港等國(guo)(guo)(guo)家和(he)地區的大(da)(da)學(xue)(xue)(xue)(xue)、醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)、科研機構建立了科研合作和(he)學(xue)(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)交(jiao)(jiao)流關系，并(bing)聘請5名國(guo)(guo)(guo)際(ji)知名學(xue)(xue)(xue)(xue)者為客座教授。10年來，接待臨時來訪、講學(xue)(xue)(xue)(xue)或(huo)學(xue)(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)交(jiao)(jiao)流的外賓250多批、1000 多人，并(bing)選派(pai)120多名教師到(dao)國(guo)(guo)(guo)外留學(xue)(xue)(xue)(xue)深造(zao)，外派(pai)講學(xue)(xue)(xue)(xue)、考(kao)察、訪問(wen)和(he)參加(jia)學(xue)(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)會議100多人。